Existe-t-il un article du Code du travail qui oblige à demander une autorisation en cas de survol de flèche de la grue d'une propriété située à côté d'un chantier ?

Dans votre cas, le droit d'un tiers est décrit dans le Code civil. L'empiètement du survol définitif d'une propriété nécessite l'autorisation du propriétaire (article 552 du Code civil). Il a été jugé par contre que le survol de la flèche d'une grue constituait une emprise temporaire qui n'entrait pas dans ce cadre (TGI Rouen 15 mai 1982). L'autorisation n'est donc pas à demander systématiquement.

Cependant, dans le cadre du survol du domaine public, un certain nombre de mairies ont pris des arrêtés définissant des procédures particulières. Il faut donc se renseigner auprès de la mairie ou de la préfecture.
Exemple : arrêté n° 2005-20005 du 3 janvier 2005 - mise en place d’engins de levage et de stockage sur les chantiers - Préfecture de PARIS.

Titre I Dispositions applicables aux appareils de levage Article 2 -
7. L’appareil ne doit pas survoler les cours, jardins et terrains de sport accessibles au public et dépendant d’établissements d’enseignement destinés à l’accueil des enfants ou d’établissements sociaux ainsi que les enceintes sportives. Dans le cas de survol de ces établissements, les allées de circulation et accès piétons extérieurs aux bâtiments empruntés par le public devront être protégés efficacement des chutes de matériaux.
8. Les charges ne doivent pas passer au-dessus d’une voie ouverte au public, ni au-dessus d’une propriété voisine. Par dérogation aux dispositions des paragraphes 1, 7 et 8 des permissions peuvent être délivrées à titre exceptionnel.